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La contaminación, la sobrepesca, la pérdida de hábitats y la introducción de especies exóticas figuran entre los motivos de ese declive.
El informe, conocido como "La Lista Roja Europea", ha evaluado la situación de unas 6.000 especies, y concluye que la situación afecta al 44 % de los moluscos de agua dulce, al 37 % de los peces, al 23 % de los anfibios y al 19 % de los reptiles.
Los más amenazados son los moluscos, y en particular el mejillón de agua dulce, antes muy extendido y que ahora se limita a unos pocos ríos de Francia y España.
La existencia de un plan de acción europeo y de programas de conservación en curso permiten, no obstante, "abrigar esperanzas de cara a su futuro", según un comunicado de la Comisión Europea.
De entre los peces, el esturión es el que se encuentra más afectado, con siete de las ocho especies europeas "en situación crítica".
La vegetación ligada a esos hábitats, también amenazada, incluye por un lado plantas de cultivo como la remolacha azucarera, el trigo, la avena y la lechuga, y por otro plantas silvestres como la "Beta patula", pariente próxima de las remolachas.
El 15 % de los mamíferos y las libélulas, el 13 % de las aves, el 11% de una selección de escarabajos saproxílicos, el 9% de las mariposas y 467 especies de plantas vasculares están ahora amenazadas.
El Comisario europeo de Medio Ambiente, Janez Potocnik, declaró que la UE podría "pagar un precio muy alto" en caso de no abordar las causas de este declive y actuar con urgencia para detenerlo.
El lado positivo del informe es que algunas medidas de conservación han dado buen resultado, como la directiva sobre Hábitats, que ha ayudado a la protección de zonas naturales.
La UE cuenta con una nueva estrategia de biodiversidad adoptada en mayo de este año, que pretende entre otros objetivos proteger los ecosistemas, contribuir a una agricultura y silvicultura sostenibles y mejorar los controles sobre las especies invasoras.
